과태료 폭탄 피하기! 2026년 대비 회사 문서 보존기간 총정리 (파일 백업∙아카이브 팁)

어느덧 2025년의 마지막 달, 12월입니다. 한 해를 마무리하고 다가올 2026년 경영·인사 계획을 준비하느라 분주한 시기인데요. 이맘때쯤이면 사무실 구석에 쌓인 서류 박스를 정리하거나, 꽉 찬 PC 용량을 비우며 한 번쯤 이런 고민을 해보셨을 겁니다.

이 서류, 이제 3년은 넘은 것 같은데 정리해도 될까?
퇴사자 PC에 남아 있는 파일들, 그냥 포맷해도 문제없겠지?

하지만 기업 문서는 단순한 업무 기록이 아니라, 법적으로 보존 의무가 정해진 자료입니다. 정해진 기간을 채우지 못한 채 문서를 폐기하거나 관리하지 못할 경우, 최대 500만 원 이하의 과태료가 부과될 수 있습니다. 더 나아가 노무·세무 등 법적 분쟁이 발생했을 때, 관련 서류를 제시하지 못하면 회사가 불리한 상황에 놓일 가능성도 큽니다.

이번 글에서는 2026년을 대비해 HR 담당자와 경영진이 반드시 점검해야 할 회사 문서의 법정 보존기간을 정리하고, 장기간 보관이 필요한 문서를 보다 안전하고 효율적으로 관리할 수 있는 파일 백업·아카이브 방식을 함께 살펴보겠습니다.

이거 없으면 500만 원? 안 지키면 발생하는 과태료와 리스크

근로기준법 위반 시 과태료

근로기준법 제42조에 따르면, 사용자는 근로자 명부와 근로계약서, 임금대장 등 주요 인사·노무 서류를 3년간 보존해야 합니다. 이를 지키지 않을 경우 근로기준법 제116조에 따라 최대 500만 원 이하의 과태료가 부과될 수 있습니다.

보존 대상에는 다음과 같은 문서들이 포함됩니다.

• 근로계약서 및 근로 조건을 명시한 서류
• 임금대장, 임금 결정에 관한 서류
• 근로자의 고용·해고·퇴직에 관한 기록

문제는 이 의무가 종이 문서뿐 아니라 전자 파일 형태로 보관된 문서에도 동일하게 적용된다는 점입니다. PC에 저장해 두었더라도 랜섬웨어나 실수로 분실·삭제된 경우 역시 ‘미보존’으로 판단되어 처벌받을 수 있습니다.

과태료보다 더 큰 문제, ‘입증 책임’의 실패

과태료는 일회성 비용으로 끝날 수 있습니다. 그러나 실제로 기업에 더 큰 부담이 되는 것은 노무·법적 분쟁이 발생했을 때의 입증 책임입니다. 예를 들어 퇴사자가 임금 체불이나 부당 해고를 이유로 노동청에 신고했을 경우, 회사는 근로계약서, 근태 기록, 급여 산정 근거 등을 통해 사실관계를 입증해야 합니다. 이때 관련 문서를 제시하지 못하면, 회사의 주장과 관계없이 근로자에게 유리한 판단이 내려질 가능성이 매우 높아집니다.

2026년 실무자 필독! 연도별 문서 보존기간 체크리스트

그렇다면 기업은 어떤 문서를, 얼마나 보관해야 할까요?

문서 보존기간은 적용 법령에 따라 기준이 달라 혼동되기 쉽습니다. 2026년을 앞두고 문서 관리 체계를 점검할 때, 아래 기준을 중심으로 확인해 보시기 바랍니다.

1년 보존 (채용절차의 공정화에 관한 법률)

채용 여부가 확정된 이후의 구직자 채용 서류는 일정 기간 보존해야 합니다.

• 이력서, 자기소개서 등 채용 관련 서류
• 보존 기간: 채용 여부 확정 후 14일~180일

채용된 대상자의 서류는 근로자 명부에 포함되어 이후 3년 보존 대상으로 전환됩니다. 반면 채용되지 않은 구직자의 서류는 개인정보보호법에 따라 보존 기간 경과 후 파기해야 합니다.

3년 보존 (근로기준법)

인사·노무 관리에서 가장 중요하게 관리해야 할 구간입니다. 노동 분쟁 발생 시 핵심적인 입증 자료로 활용되는 문서들이 여기에 해당합니다.

• 근로계약서: 근로 조건이 명시된 모든 서류
• 임금대장: 임금의 결정, 지급 방법, 계산 기초에 관한 자료
• 고용·해고·퇴직 관련 서류: 사직서, 퇴직금 산정 내역 등

이때 보존기간의 기산점은 작성일이 아니라 근로관계가 종료된 날(퇴직일)이라는 점에 유의해야 합니다.

5년 보존 (국세기본법, 법인세법 등)

세무 조사 및 회계 감사에 대비해 다음과 같은 서류는 5년간 보존해야 합니다.

• 세금계산서, 계산서
• 카드 매출전표, 거래명세서 등 거래 증빙 자료
• 회계 장부 및 영업 관련 주요 기록

10년 보존 (상법)

기업의 경영 및 의사결정 이력을 증명하는 핵심 문서로, 장기간 보존이 요구됩니다.

• 재무제표(재무상태표, 손익계산서 등)
• 정관
• 주주총회 및 이사회 의사록

문서 보존을 위해 파일 백업·아카이브가 필요한 이유

앞서 살펴본 것처럼 기업 문서는 짧게는 1년, 길게는 10년 이상 보관해야 합니다. 문제는 이 긴 보존 기간을 현실적인 방식으로 관리하기가 쉽지 않다는 거죠. 여전히 많은 조직이 종이 문서 보관이나 담당자 PC 중심의 파일 관리에 의존하고 있습니다. 하지만 이 방식은 시간이 지날수록 여러 한계를 드러냅니다.

실시간 파일 백업으로 데이터 유실 위험 줄이기

중요한 인사 데이터를 담당자 PC에만 저장해 두는 방식은 여러 변수에 취약합니다. 랜섬웨어 감염이나 기기 고장, 퇴사 과정에서의 파일 정리만으로도 필수 보존 문서가 사라질 수 있습니다.

이런 상황을 대비하려면 파일이 생성·수정되는 시점부터 자동으로 백업되고, 문제가 발생했을 때 이전 상태로 복구할 수 있는 구조가 필요합니다. 클라우다이크는 지정한 폴더의 파일을 실시간으로 동기화해 백업하며, 파일 변경 이력을 남겨 감염이나 오작동 이전 시점으로 복구할 수 있도록 지원합니다.

장기 보존 문서는 아카이브 관점에서 분리 관리하기

법적으로 보관해야 하지만 자주 열어보지 않는 3년~10년치 문서를 모두 업무용 PC나 서버에 두는 것은 비효율적입니다. 이런 문서는 접근 빈도가 낮은 만큼, 아카이브 형태로 분리해 관리하는 것이 합리적입니다.

클라우다이크를 활용하면 자주 사용하는 문서와 장기 보존 문서를 구분해 저장할 수 있습니다. 필요한 만큼 용량을 조절하면서 오래된 의무 보존 문서를 안정적으로 보관할 수 있어, 비용 부담과 관리 리스크를 동시에 줄일 수 있습니다.

HR 문서는 접근 권한 관리까지 포함되어야 합니다

문서 보존은 단순한 정리 문제가 아니라, 기업이 지켜야 할 법적 의무이자 리스크 관리의 기본입니다. 새해를 앞둔 지금, 회사 문서의 보존기간과 관리 방식을 함께 점검해 두는 것만으로도 과태료와 분쟁 리스크를 크게 줄일 수 있습니다. 의무적으로 보관해야 하는 문서뿐 아니라, 업무 과정에서 축적된 자료 역시 체계적으로 관리하면 기업의 중요한 자산이 됩니다. 특히 퇴사자 발생 시에도 문서가 개인에게 묶이지 않도록, 시스템 기반으로 관리하는 구조가 필요합니다.

오래된 업무 자료를 무작정 삭제하기보다, 파일 백업·아카이브 관점에서 정리해 보세요. 지금 클라우다이크 무료체험으로 문서 보존과 파일 관리 구조를 직접 확인해 보시기 바랍니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 종이 문서를 스캔해서 PDF로만 보관해도 법적으로 문제없을까요?

전자문서 형태로 보관하는 것 자체는 법적으로 허용됩니다. 다만 단순히 스캔 파일을 저장해 두는 것만으로는 충분하지 않습니다.

문서가 식별 가능하고 위·변조되지 않았으며, 필요 시 즉시 열람·제출이 가능해야 합니다. 파일이 분실되거나 훼손될 위험 없이 장기간 관리할 수 있는 구조인지가 함께 고려돼야 합니다.

Q2. 퇴사자가 PC에 있던 파일을 삭제하고 나간 경우, 회사 책임이 되나요?

네, 책임이 발생할 수 있습니다. 문서 보존 의무는 개인이 아니라 회사에 귀속되기 때문입니다.

퇴사 과정에서 파일이 삭제되었더라도, 법적으로 보관해야 할 문서를 제출하지 못하면 회사가 불리한 상황에 놓일 수 있습니다. 이 때문에 특정 담당자 PC에만 파일이 저장되지 않도록, 중앙에서 자동 백업되는 환경을 구축하는 것이 중요합니다.

Q3. 보존기간이 지난 HR 문서는 바로 삭제해도 되나요?

보존기간이 경과한 문서는 원칙적으로 파기 대상이 됩니다. 특히 개인정보가 포함된 문서는 개인정보보호법에 따라 목적 달성 후 지체 없이 파기해야 합니다.

다만 분쟁 가능성이나 내부 규정에 따라 일정 기간 추가 보관이 필요한 경우도 있으므로, 무작정 삭제하기보다는 보존·아카이브·파기 기준을 함께 관리하는 방식이 필요합니다.

Q4. 파일 백업과 아카이브는 어떻게 다른가요?

파일 백업은 사고나 삭제에 대비해 데이터를 복구하기 위한 목적에 가깝고, 아카이브는 법적·업무적 이유로 장기간 보관하기 위한 관리 방식에 가깝습니다.

HR 문서처럼 보존기간이 긴 자료는 백업만으로는 관리가 부족할 수 있습니다. 실무에서는 자주 사용하는 문서는 백업 중심으로, 오래 보관해야 하는 문서는 아카이브 형태로 역할을 나누어 관리하는 구조가 효율적입니다.

Q5. HR 문서를 클라우드로 관리해도 보안상 괜찮을까요?

보안은 ‘클라우드를 쓰느냐’보다 어떻게 관리하느냐의 문제입니다. 문서별·폴더별 접근 권한 설정, 다운로드·열람 이력 관리, 백업 및 복구 체계가 갖춰져 있다면 오히려 개별 PC나 종이 문서보다 관리가 수월해질 수 있습니다. HR 문서는 특히 접근 통제와 기록 관리가 가능한 환경에서 관리하는 것이 중요합니다.